臺灣因生物棲息環境多元，造就豐富的生物多樣性，連在臺灣的蝙蝠多樣性也居世界之冠。因此，了解蝙蝠與新興人類疾病的關係更顯得重要。
棲地被破壞而靠近人群
蝙蝠是地球上唯一可以真正飛行的哺乳類。全世界約有一千多種蝙蝠，大翼手亞目為體型較大的狐蝠，主要分布在熱帶和亞熱帶森林，擁有靈敏的視覺與嗅覺；小翼手亞目的體型較小，為了捕食昆蟲，發展出特殊的回聲定位系統。
蝙蝠特殊的生物特徵和生態習性，使牠們成為病毒和其他疾病媒介合適的自然宿主。雖然曾經從不同種類的蝙蝠身上分離或檢測出近千種病毒種類，但只有少部分病毒種類被認為可能與疾病有關。事實上，大多數蝙蝠身上攜帶的病毒，從目前的證據來看，並未顯示可以引起人類和其他脊椎動物的疾病。
是什麼因素，促使某些病毒在蝙蝠和其他動物間互相傳播？可能是由於蝙蝠棲息地喪失和遭到狩獵造成。越來越多蝙蝠棲息地被人類破壞，導致牠們在生存壓力下，只能與人類和牲畜更加接近。
不同蝙蝠在遷徙時共居洞穴，容易造成病毒交叉傳染。
洞穴同居可能交叉傳染
蝙蝠每天利用飛行捕食，有些蝙蝠甚至會進行長距離的遷徙，例如墨西哥游離尾蝠，每年至少要飛行一千兩百公里，來回遷移夏季洞穴與越冬洞穴之間。
來自不同地區的同種蝙蝠，如果遷徙到相同的洞穴進行繁殖或度冬，會導致身上攜帶的不同病毒相互交流，進而產生新型病毒或病毒變體。食蟲蝙蝠飛行時，會通過嘴巴或鼻孔發出超音波，也可能使體內的病毒，透過上呼吸道黏液或口腔唾液發散在空氣中。
獨特系統能對病毒免疫
為什麼蝙蝠本身沒有病徵，感染給其他動物卻能高度致病呢？這是因為蝙蝠的免疫系統和其他脊椎動物相當不同。在適應飛行的生存方式下，蝙蝠的代謝率通常較同體型哺乳動物高。高代謝率，意味身體細胞像一部「火力全開的機器」，會大幅增加損壞機率。
蝙蝠可能發展出較強的DNA損傷修復能力，細胞也在高強度運動──「飛行」的情況下，適應了較高的體溫，可能抑制了體內病毒的複製。
蝙蝠為陸地生態系要角
儘管蝙蝠被人類認為是人畜共通病毒的重要天然宿主，卻也是陸地生態系重要的一環，不但可以幫助人類控制害蟲數目，提高農作物產量；也可以透過捕食蚊蠅病媒，達到生物防治和減少化學殺蟲劑使用，降低人蟲間的疾病傳播。
此外，蝙蝠可以幫助植物授粉，讓地球上許多植物得以繁衍後代，也為人類提供充足的蔬果等食物。有些地方，人類會利用蝙蝠糞便作為有機肥料，或利用蝙蝠唾液或血液，提取抗凝血藥物或特殊抗體。近代科學家更利用蝙蝠的迴聲定位特性，發展出潛艇的聲納系統、汽車的倒車雷達，或醫院的超音波檢驗儀器。
目前關於蝙蝠體內多數病毒的研究資訊仍然有限，相信透過探索蝙蝠的免疫機制，將有助於找出人類與新型病毒戰爭的解決之道。